主人公は、もちろんコナンになる前の高校生探偵・工藤新一。容疑者は12人！今回、工藤新一は2つの事件に巻き込まれていく。
最初の事件は、地上1万メートルで起きた密室殺人。飛行機内で起きた完全犯罪と消えた凶器の謎に挑む「工藤新一　最初の事件」として絶大な人気を誇る原作エピソードです。そして京都へ向かった新一たちを待ち受けていたのは…映画撮影中に起きた爆発事故とアイドルの殺人事件。 新一のライバル・服部平次と共に、悪意に満ちたワナを暴いて行きます！