⼯藤新⼀が黒ずくめの組織の毒薬、APTX4869により江戸川コナンになる “少し前” を描いた特別編で、コナン本編の時系列上、アニメ第1話よりさらに前に位置する物語。

交際前の新一と蘭は、別居中の蘭の両親 、毛利小五郎と妃英理とを仲直りさせる ｢水族館ドッキリ再会ラブラブ復活大作戦｣ の下見で、米花水族館を訪れていた。

しかし、楽しい時間もつかの間、新一は人だかりの先に漂う異様な空気に事件を察知する。

血の臭いを嗅ぎつけて現場へ赴くと、水槽の前で心臓を刺された男の死体が… 凶器はコンビニ袋から飛び出たナイフ、首筋にはスタンガンの跡。

現場にやってきた目暮警部と共に捜査を開始した新一は、携帯電話を使って 3 人の容疑者を割り出す。緋色の高校生探偵の推理劇が始まる ――

そして、事件の先には、あの日 (= コナンになる日 ) へとつながる “ もうひとつの下見 ” が ……

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